Dans une invite de commande avec élévation, et pour une version de Notepad++ 64bits :

reg add "HKLM\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Image File Execution Options\notepad.exe" /v "Debugger" /t REG_SZ /d "\"%ProgramFiles%\Notepad++\notepad++.exe\" -notepadStyleCmdline -z" /f